Gromacs分析处理-模拟前后蛋白结构差异对比图的制作

Step1：利用模拟得到的拓扑文件和估计文件，提取模拟前后的两帧结构

1. gmx trjconv -s md_test.tpr -f md_test.xtc -o first.pdb -sep -b 0 -e 0 -pbc mol

#提取首帧

2. gmx trjconv -s md_results_1.tpr -f md_results_1.xtc -o last.pdb -sep -b 100000 -e 100000 -pbc mol

#这里的结构一共100000帧，所以取最后一帧

两者都选择protein进行输出，这样我们就得到了first和last这两个起始结构的pdb结构

Step2：利用pymol预处理

load first0.pdb    #加载

load last0.pdb

align last0, first0 #对齐

在命令框输入

Step3：利用pymol脚本（modevectors.py）进行再处理

modevectors.py下载地址：https://pymolwiki.org/index.php/Modevectors

Step4：查看工作路径，也可以更改工作路径，确保你的文件都在此路径下

Step5：开始运行pymol脚本，在命令框依次输入

run modevectors.py   #用于绘制豪猪图

modevectors first0, last0

center

zoom

show cartoon， first0

show cartoon， last0

最后的结果，差异体现在箭头处，箭头的指向是从初始到结束位置

其他的颜色，大小，清晰度都可以自己再去调整

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