Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用

。_4485 2023年4月28日浏览：1292

第一天
时间	内容	主要知识点
AM9:00~9:50	一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。	1 蛋白质折叠与结构预测简介 1.1 主链二面角与二级结构 1.2 侧链堆积与三级结构 2 蛋白质设计简介 2.1 蛋白质设计的分类及应用
AM10:00~10:50	二. Rosetta基础三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。	3 Pose/mover/scorefunction 4 LINUX 入门命令 4.1 用户属组及权限目录文件属性4.2 LINUX基础命令环境变量 4.3 shell常用命令练习 4.4 conda介绍
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50	四．结构扰动与结构优化五．序列设计PackRotamer和FastDesign 目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。	5 Minmover, MC Mover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6 RosettaScript组成和要素 6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/Disulfidize Mover
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
第二天
时间	内容	主要知识点
AM9:00~9:50	六. 蛋白-蛋白对接基础目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。	7 Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精细调整 7.3 FoldTree
AM10:00~10:50	七. 抗体设计目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令	8 抗体结构文件的处理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗体抗原对接模型 8.3 CDR区优化 8.4 Framework区优化案例实践：Ø SSD和MSD设计任务
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50	八. CartisenDDG 突变扫描九. RosettaScript应用目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。	9 序列与结构设计 9.1 Input和Output flags控制输入输出 9.2 CleanAtom结构预处理 9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons 9.4 ResFile等辅助文件 9.5 小改中改与大改 9.6 练习答疑案例实践：Ø FastDesign设计任务
PM15:00~15:50
AM16:00~17:00
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00