【篇二】生物医药领域发文难？(CADD、ROSETTA、多组学）一区SCI垫脚石已备好！

。_4485 2023年5月11日浏览：1235

rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用（篇二）
一. 从蛋白质折叠到蛋白质设计
目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
1 蛋白质折叠与结构预测简介
1.1 主链二面角与二级结构
1.2 侧链堆积与三级结构
2 蛋白质设计简介
2.1 蛋白质设计的分类及应用
am10:00~10:50
二. rosetta基础
三. 蛋白质结构viewer 、linux和python基础教学
目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用pymol或chimerax查看蛋白质结构。
3 pose/mover/scorefunction
4 linux 入门命令
4.1 用户属组及权限目录文件属性
4.2 linux基础命令环境变量
4.3 shell常用命令练习
4.4 conda介绍
四．结构扰动与结构优化
五．序列设计packrotamer和fastdesign
目标：了解rosetta封装好的应用（以relax为例）和rosettascript编写应用（以pack/min/pack为例）。
5 minmover, mc mover, fastrelax mover
5.1 movemap
6 rosettascript组成和要素
6.1 filter residueselector taskoperation
6.2 dssp/disulfidize mover
第二天
六. 蛋白-蛋白对接基础
目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
7 translat和rotation mover
7.1 low resolution的全局搜索
7.2 high resolution的精细调整
7.3 foldtree
七. 抗体设计
目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握rabd常用命令
8 抗体结构文件的处理
8.1 pyigclassify
8.2 抗体抗原对接模型
8.3 cdr区优化
8.4 framework区优化
案例实践：Ø ssd和msd设计任务
八. cartisenddg 突变扫描九. rosettascript应用
目标：熟悉rosettascript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。
9 序列与结构设计
9.1 input和output flags控制输入输出
9.2 cleanatom结构预处理
9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons
9.4 resfile等辅助文件
9.5 小改中改与大改
9.6 练习答疑

案例实践：Ø fastdesign设计任务

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