Ubuntu下OpenFOAM跨节点并行的配置

CFD工作者和爱好者经常需要在多节点上进行并行计算，那么对应OpenFOAM跨多个节点的并行计算需要配置哪些呢？这个配置过程较为复杂，小编通过实战经验总结了配置过程，希望可以帮助到大家。具体的配置过程如下：

＃1：创建用户和of的环境变量

在主机和辅机上创建相同的用户，并在该用户下配置openFoam的环境变量，进行openFoam软件安装，openFoam环境配置需注意将openFoam的环境变量加到下图中的位置或前面，否者在非交互性的ssh远程命令执行时不会配置openFoam的环境变量。

＃2：配置hosts和interfaces

在主机和辅机的机器上安装sshserver和ssh client，然后进行网络配置。

首先，获取主机和辅机上的网址，如下图所示。

然后将主机上和辅机上的hostname和网址写到每台机器的/etc/hosts文件中，如下图所示

其后，修改/etc/network下的interfaces文件设置静态ip，由：

改为：

然后执行sudo /etc/init.d/networking restart命令

＃3： 配置 免密登录的ssh

执行ssh-keygen –t rsa或ssh-keygen–t dsa命令会在/home/用户/.ssh目录下生成一对公钥(id_rsa.pub)和私钥(id_rsa)，然后执行：

cp/home/用户/.ssh/id_dsa.pub /home/用户/.ssh/authorized_keys

将公钥拷到authorized_keys。

其后将主机上的公钥拷到各台辅机上：

ssh-copy-id 用户@openfoam1

有关ssh免密登录的详细配置可以参考 http://blog.csdn.net/longyinyushi/article/details/50984445

＃4： 设置NFS文件共享

在有一个主机和多个辅机的时候，可以只在主机上装OpenFoam和openMPI compilers,然后挂载到各辅机上，算例的执行也可挂载到辅机上就避免了文件的复制。

要实现以上功能，首先得在主机上执行：

sudoapt-get install nfs-kernel-server nfs-common命令

在辅机上执行：

sudoapt-get install nfs-common

在辅机上创建OpenFoam文件夹，并将文件权限改为777

mkdir-p OpenFoam

chmod777 OpenFoam

在主机上也创建openFoam文件夹，并将文件权限改为777

mkdir-p OpenFoam

chmod777 OpenFoam

然后编辑主机/etc下的exports文件，在最后一行中加入：

/home/用户/OpenFoam 辅机hostname(rw,sync,fsid=0,crossmnt,no_subtree_check)

其后，重启nfs服务器，输入命令：

sudo/etc/init.d/nfs-kernel-server restart

在各辅机上安装挂载主机OpenFoam文件夹，输入命令：

sudomount -t nfs openfoam2:/home/用户/OpenFoam/home/用户/OpenFoam

将所有的openFoam文件都拷到主机的OpenFoam文件夹下（应该要改一下配置环境），

然后将修改OpenFoam文件夹的权限：

sudo-R chmod 777 OpenFoam

修改各辅机上的/etc下的fstab文件可以自动挂载主机上OpenFoam文件夹：

sudopico /etc/fstab

在最后一行中添加：

Openfoam2:/home/用户/OpenFoam /home/用户/OpenFoam nfs user, rw,auto 0 0

＃5： 多节点openFoam并行计算

1、  首先网格文件生成

2、  执行decomposePar命令，拆分网格

3、  编辑hostfile文件，其格式为：

openfoam1cpu=2
openfoam2 cpu=2

4、  执行mpirun -np 4--hostfile machines interFoam –parallel命令

即可在不同机器上并行计算，等计算完成后，最后执行reconstructPar命令重组网格。

并行中核数的占用情况是先将hostfile文件中的第一个机器的核数用完以后，再用第二台机器的核数

内容来自公众号：EASYCAE云计算平台